AMD и Dell поддерживают изучение биоинформатики в Варшавском университете

Серверные графические процессоры AMD FirePro S9150 увеличат производительность систем Центра секвенирования нового поколения (NGSC) в Центре новых технологий Варшавского университета более чем на 1,5 петафлопс.

Новые вычислительные возможности понадобятся для исследований в области биоинформатики и секвенирования (NGS). Новый кластер ORION оснащен 150 серверами Dell PowerEdge R730 с двумя графическими процессорами AMD FirePro S9150. Результат – производительность в 1,52 петафлопс одинарной точности и 0,76 петафлопс двойной точности.

Энергоэффективный кластер позволяет достичь высокой скорости и эффективности вычислений генной информации, что необходимо для целого спектра исследований генома и биоинформатики. Это становится возможным благодаря использованию для исследовательских целей быстрого и высокоэффективного интерфейса программирования OpenCL.

«Эффективное взаимодействие с Dell и AMD позволило нам реализовать проект в кратчайшие сроки», – сказал д-р Кшиштоф Гинальски (Krzystof Ginalski), глава Центра секвенирования и Лаборатории биоинформатики и биологии систем в Центре новых технологий Варшавского университета. «Самые современные технологии и лучшие в отрасли средства управления в серверах Dell PowerEdge R730 с графикой AMD FirePro S9150 создают невероятно мощный базис для кластера ORION, предоставляя нам необходимые для исследований возможности. Наличие 16Гб памяти на борту серверной графики AMD FirePro S9150 позволяет нам запускать сложные вычисления в сфере биоинформатики на одном GPU без коммуникации между адаптерами. Это помогает добиться высокой эффективности процессов. Мы сознательно выбрали конфигурацию с двумя GPU на один сервер, чтобы снизить стоимость и энергопотребление кластера».

NGSC Центра новых технологий Варшавского университета (г. Варшава, Польша) представляет собой научное подразделение, занимающееся передовыми исследованиями в сфере биоинформатики, которые касаются биологии, медицины, диагностики и терапии. Кластер ORION был разработан и построен для хранения и обработки огромных массивов данных, занятых в секвенировании. NGSC ведет разнообразные проекты в сфере исследования генома и сотрудничает с огромным количеством групп, предоставляя доступ к технологиям NGS различным академиям и предприятиям. Исследователи со всего мира используют ресурсы лаборатории для проведения экспериментов из сферы NGS (например, геномные, метагеномные, транскриптомные, эпигенетические) и делают удивительные открытия. Многие исследования в сфере биоинформатики в NGSC требуют огромных вычислительных мощностей, которые теперь доступны вместе с кластером ORION.